Port of the Islands Marina se encuentra en el umbral de las Ten Thousand Islands, un laberinto de 35,000 acres de islotes de manglares donde el canal Faka Union se encuentra con las aguas poco profundas del estuario del condado de Collier. Los manatíes de las Indias Occidentales —Trichechus manatus latirostris— migran a estos canales salobres cada invierno cuando las temperaturas del Golfo caen por debajo de los 68°F (20°C), congregándose cerca de descargas de agua tibia y afluentes alimentados por manantiales que los protegen del estrés por frío. La subespecie, catalogada como amenazada bajo la Ley de Especies en Peligro de Extinción desde 1967 y reclasificada de en peligro en 2017, depende de corredores costeros poco profundos para alimentarse y parir; las hembras adultas consumen hasta 150 libras de pastos marinos diariamente para mantener su masa de 1,200 libras. Las excursiones guiadas en barco que salen desde el puerto deportivo navegan por las vías fluviales protegidas del Fakahatchee Strand Preserve State Park y el borde occidental del Everglades National Park, deslizándose entre raíces de manglar rojo y bancos de ostras que albergan sábalos juveniles, espátulas rosadas y águilas pescadoras anidantes. Los operadores de tours ecológicos de manatíes en Naples, FL, poseen permisos federales emitidos bajo la Ley de Protección de Mamíferos Marinos, que prohíbe la persecución, el acoso y el contacto físico; los capitanes mantienen la zona de amortiguamiento de velocidad mínima de 50 pies exigida y educan a los pasajeros sobre protocolos de observación pasiva. Las salidas matutinas entre las 8:00 y las 11:00 aprovechan las temperaturas del aire más frescas y el agua cristalina: condiciones que permiten a los hidrófonos detectar las vocalizaciones de los manatíes y aumentan la probabilidad de eventos de respiración en la superficie. El ecosistema de las Ten Thousand Islands funciona como una guardería crítica para las pesquerías comerciales del Golfo de México y una parada migratoria para las aves canoras neotropicales. Las marismas de pasto alazán tierra adentro pasan abruptamente a arroyos de marea donde la salinidad fluctúa con el ciclo lunar, creando gradientes que soportan tanto especies de agua dulce como marinas dentro de una sola cuenca de marea. Los delfines mulares patrullan los canales más profundos durante la marea muerta, mientras que los cocodrilos americanos —la única especie de cocodrilo simpátrica con los manatíes en Florida— toman el sol en bancos de lodo cerca del límite del parque. Los guías naturalistas interpretan la ingeniería hidrológica que define la temporada húmeda del sur de Florida, el papel de la marejada ciclónica del huracán Irma en 2017 en la remodelación de las islas barrera y la adquisición federal continua de propiedades privadas para expandir la superficie contigua de la reserva. Las excursiones de manatíes en Naples operan durante todo el año, aunque los avistamientos alcanzan su punto máximo de noviembre a marzo, cuando agregaciones de hasta dos docenas de individuos ocupan los rincones más cálidos del estuario.