Der Port of the Islands Marina liegt an der Schwelle zu den Ten Thousand Islands, einem 35.000 Hektar großen Labyrinth aus Mangroveninseln, wo der Faka Union Canal auf das Ästuar-Flachwasser von Collier County trifft. Karibische Rundschwanzseekühe – Trichechus manatus latirostris – wandern jeden Winter in diese Brackwasserkanäle, wenn die Wassertemperaturen im Golf unter 20°C fallen. Sie versammeln sich in der Nähe von warmen Wassereinleitungen und quellgespeisten Nebenflüssen, die sie vor Kältestress schützen. Die Unterart, die seit 1967 gemäß dem Endangered Species Act als bedroht gelistet und 2017 von „vom Aussterben bedroht“ herabgestuft wurde, ist zur Nahrungssuche und Fortpflanzung auf flache Küstenkorridore angewiesen; erwachsene Weibchen verzehren täglich bis zu 68 Kilogramm Seegras, um ihre Masse von etwa 545 Kilogramm zu erhalten. Geführte Bootsausflüge, die vom Yachthafen aus starten, navigieren durch die geschützten Wasserstraßen des Fakahatchee Strand Preserve State Park und den westlichen Rand des Everglades-Nationalparks. Dabei gleiten sie zwischen den Stelzwurzeln der Roten Mangroven und Austernbänken hindurch, die jungen Tarpons, Rosalöfflern und nistenden Fischadlern Schutz bieten. Betreiber von Manatee-Ökotouren in Naples, FL, besitzen bundesstaatliche Genehmigungen gemäß dem Marine Mammal Protection Act, der Verfolgung, Belästigung und physischen Kontakt verbietet; Kapitäne halten den vorgeschriebenen Puffer von 50 Fuß (ca. 15 Meter) bei langsamer Fahrt ein und schulen die Passagiere in Protokollen zur passiven Beobachtung. Die Abfahrten am Morgen zwischen 8:00 und 11:00 Uhr nutzen die kühleren Lufttemperaturen und das spiegelglatte Wasser – Bedingungen, die es Hydrophonen ermöglichen, die Lautäußerungen der Seekühe zu erfassen und die Wahrscheinlichkeit für Beobachtungen an der Oberfläche erhöhen. Das Ökosystem der Ten Thousand Islands fungiert als wichtige Kinderstube für die kommerzielle Fischerei im Golf von Mexiko und als Zwischenstopp für neotropische Zugvögel. Die Binnensumpfgebiete gehen abrupt in Gezeitenbäche über, in denen der Salzgehalt mit dem Mondzyklus schwankt und Gradienten schafft, die sowohl Süßwasser- als auch Meeresarten in einem einzigen Gezeitenbecken unterstützen. Große Tümmler patrouillieren bei ablaufendem Wasser durch die tieferen Kanäle, während Amerikanische Krokodile – die einzige Krokodilart, die in Florida mit Seekühen koexistiert – sich auf den Schlickbänken nahe der Parkgrenze sonnen. Naturkundliche Reiseleiter erläutern die hydrologische Technik, die die Regenzeit Südfloridas bestimmt, die Rolle der Sturmflut durch den Hurrikan Irma im Jahr 2017 bei der Umgestaltung der Barriereinseln und den laufenden Erwerb von Privatbesitz durch die Bundesregierung, um die zusammenhängende Fläche des Schutzgebiets zu erweitern. Manatee-Ausflüge in Naples finden das ganze Jahr über statt, wobei die Sichtungen von November bis März ihren Höhepunkt erreichen, wenn sich bis zu zwei Dutzend Individuen in den wärmsten Bereichen des Ästuars aufhalten.